|
|
|
| 中國海洋大學發(fā)布分子膠數(shù)據(jù)庫MolGlueDB |
| http://www.k7200.com 2025年9月11日 來源：華禹教育網(wǎng) |
|
近日，中國海洋大學醫(yī)藥學院、青島海洋生物醫(yī)藥研究院秦沖教授團隊在國際生物信息數(shù)據(jù)庫領(lǐng)域頂級期刊Nucleic Acids Research（《核酸研究》），在線發(fā)表了題為“MolGlueDB: an online database of molecular glues”（MolGlueDB：一個在線的分子膠數(shù)據(jù)庫）的研究論文，發(fā)布了國際首個分子膠藥物數(shù)據(jù)庫。
在藥物發(fā)現(xiàn)領(lǐng)域，分子膠降解劑（Molecular Glue Degraders, MGD）作為一種新興的靶向蛋白降解技術(shù)，正日益受到科研和制藥行業(yè)的關(guān)注。近年來已有20余個分子膠進入臨床試驗，展現(xiàn)出巨大應用潛力。然而，分子膠降解劑的發(fā)現(xiàn)與理性設(shè)計面臨巨大挑戰(zhàn)。為推動MGD的合理設(shè)計與開發(fā)，研究團隊構(gòu)建并上線了MolGlueDB，這是一個開放訪問的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫，旨在為全球研究者提供全面、可靠的MGD資源。該數(shù)據(jù)庫于2025年初正式上線，可通過鏈接https://www.molgluedb.com/免費訪問，訪問量已累計超過8000次，數(shù)據(jù)下載與導出次數(shù)達1400余次，充分表明該平臺已在學術(shù)界和產(chǎn)業(yè)界獲得積極關(guān)注，成為分子膠研究的重要工具。
圖1 MolGlueDB的整體架構(gòu)與設(shè)計理念
MolGlueDB的核心價值在于其大規(guī)模的數(shù)據(jù)整合。研究團隊系統(tǒng)梳理了2001年1月至2025年5月的241篇分子膠相關(guān)文獻，數(shù)據(jù)庫歸納收錄了1840條目，涵蓋1629個不同的MGD分子、28種E3泛素連接酶招募蛋白以及94個靶點蛋白。這些數(shù)據(jù)不僅包括MGD的化學結(jié)構(gòu)，還整合了結(jié)合親和力（如Kd值）、降解能力（如DC50和Dmax）、生物活性（如IC50和EC50）以及物理化學特性（如分子量、LogP和TPSA）。此外，數(shù)據(jù)庫正逐步擴展藥代動力學相關(guān)數(shù)據(jù)，例如ADME（吸收、分布、代謝和排泄）參數(shù)，幫助研究者評估MGD的成藥潛力。這種多維度信息覆蓋，使得MolGlueDB成為從基礎(chǔ)研究到臨床應用的橋梁。
圖2 MolGlueDB在線數(shù)據(jù)庫的主頁界面
數(shù)據(jù)庫的功能模塊設(shè)計合理，支持多種檢索方式。用戶可以通過文本搜索快速查找特定MGD、靶點或E3蛋白；結(jié)構(gòu)檢索功能則包括子結(jié)構(gòu)搜索和相似性搜索，配備在線分子編輯器，便于用戶繪制或修改分子結(jié)構(gòu)進行查詢。多維度篩選工具允許根據(jù)靶點、E3招募蛋白、理化性質(zhì)或藥效團類型過濾數(shù)據(jù)，幫助研究者高效定位潛在候選物。在人工智能驅(qū)動的藥物設(shè)計中，這些功能可支持機器學習模型的訓練和虛擬篩選，加速新型MGD的發(fā)現(xiàn)。
圖3 MolGlueDB數(shù)據(jù)庫頁面
作為一項持續(xù)優(yōu)化的項目，研究團隊將定期更新數(shù)據(jù)庫，納入更多文獻數(shù)據(jù)和新興MGD類型，進一步增強對AI輔助設(shè)計的支持。目前，數(shù)據(jù)庫已整合了高分辨率晶體結(jié)構(gòu)和分子對接模擬結(jié)果，為結(jié)構(gòu)生物學研究提供可視化工具。未來，隨著更多藥代動力學和毒性數(shù)據(jù)的加入，MolGlueDB有望進一步推動分子膠降解劑的理性設(shè)計與藥物發(fā)現(xiàn)。
團隊合影（前排左七為秦沖教授）
中國海洋大學為本文的第一通訊單位，中國海洋大學博士后王霄與碩士研究生莊智堯為文章的共同第一作者，秦沖教授、徐錫明教授和房森彪博士為論文共同通訊作者。該工作得到山東省重點研發(fā)計劃、青島市科技示范工程項目的資助。
文章鏈接：https://doi.org/10.1093/nar/gkaf811
|
 關(guān)于中國海洋大學更多的相關(guān)文章請點擊查看 |
|
| 特別說明：由于各方面情況的不斷調(diào)整與變化，華禹教育網(wǎng)（www.k7200.com）所提供的信息為非商業(yè)性的教育和科研之目的，并不意味著贊同其觀點或證實其內(nèi)容的真實性，僅供參考，相關(guān)信息敬請以權(quán)威部門公布的正式信息為準。 |
|
|
|
| |